502. Интерпретация диагностических тестов (PCR) на SARS-CoV-2

Интерпретация диагностических тестов на SARS-CoV-2

22 апреля 2020 года

Одобрено Комиссией по оповещениям, подготовительным планам и ответным реакциям

СОТРУДНИЧЕСТВО Испанское общество инфекционных болезней и клинической микробиологии

Выявление вирусного РНК, передача инфекции и генерация антител

С помощью методики RT-PCR наблюдалось что зараженные пациенты в основном имеют высокую вирусную нагрузку (между 104 и 108 копий генома/мл на мазок носоглотки или слюны) в течении первых дней после начала симптоматики и, вероятно, на бессимптомной стадии. У пациентов, которые имеют слабо выраженное течение инфекции, пик вирусной нагрузки в носовых и орофарингеальных мазках происходит в течении 5-6 дней от начала симптомов и практически исчезает на 10-й день. Хотя у некоторых у пациентов вирус выявляется после 10-го дня, вирусная нагрузка в 100-1000 раз меньше, что позволяет предполагать низкую способность передачи вируса другим в эти дни (1-4). Кроме того, начиная с 6-го дня после появления симптомов, появилась возможность доказать отсутствие контагиозности вируса (отсутствие роста вируса в культуре клеток) с вирусными нагрузками ниже 105 копий на образец (4). Несмотря на небольшое количество случаев в этой серии и на снижение чувствительности посевов по сравнению с ПЦР, эта информация были принята во внимание международным научным сообществом как часть данных, чтобы установить сроки заразности заболевания, что считается основой для контроля над ним (5,6).

Дополнительно к исследованиям in vitro, в эпидемиологических исследованиях описаны цепочки распространения заболевания с вторичными случаями заражения между контактами в дни до появления симптомов и во время симптоматического периода, но нет никаких данных, что заражение произошло по прошествии острой фазы заболевания. Это указывает на то, что у людей c слабо выраженными симптомами после первой недели от начала появления симптомов, вероятность заразить других людей инфекцией будет очень низкой, даже когда вирус еще поддается обнаружению с помощью ПЦР (4), что вероятно ассоциируется с появлением иммунной реакции. У людей с более тяжелым клиническим течением заболевания, вирусная нагрузка до 60 раз выше, чем у людей, у которых наблюдается слабо выраженное течение заболевания (7). Кроме того, выделение вируса у них может быть более продолжительным. У 191 пациента, которым потребовалась госпитализация, средняя продолжительность выделения вируса была 20 дней (интерквартильный интервал 17-24), максимально до 37 дня. Кроме того, вирус выявлялся до конца у тех, что умерли (8).

В соответствии c имеющимися данными, можно сделать вывод, что в случае легкого течения заболевания, передача инфекции в основном происходила в период 1-2 дня до начала появления симптомов и до 5-6 дней после выздоровления. Пациенты с тяжелой формой заболевания будут более заразны т с более продолжительным периодом выделения вируса (Рис. 1).

Многие серологические методы, которые используют в качестве вирусных антигенов, нуклепротеид, белок S, а также рецептор-связывающий домен белка, доказали свою пользу в ряде случаев, в которых выявляют общие антитела (Ab), иммуноглобулины (IgM) и иммуноглобулины G ( IgG), с повышающейся чувствительностью в процессе инфекции, которая превышает 90% на второй неделе после появления симптомов.

Кроме того наблюдалось, что в течении первых 7 дней после появления симптомов, ПЦР является положительной практически у 100% пациентов и с течением времени число выявляемых случаев заболевания методом ПЦР снижается. Таким образом процент положительных результатов составлял 90% между 8-14 днями и 70 % между 15 и 29 днями после появления симптомов (2-4, 7-9).

Существуют опубликованные данные о генерации нейтрализующих антител на животных моделях (6,7,8). Кроме того, были определены нейтрализующие антитела в образцах сыворотки пациентов , взятых в последовательные дни (12).

У 6 пациентов (госпитализированных с умеренными симптомами заболевания) были выявлены нейтрализующие антитела на 5-ый день после появления симптомов (хотя и в низких тирах) и у всех из них повышенные нейтрализующие титры (>= 1/512) выявлялись начиная с 12 го дня. Эти результаты соответствуют описанным ранее, что указывает на то, что исчезновение контагиозности вируса в орофаренгиальных мазках будет последствием иммунной реакции с растущими уровнями нейтрализующих антител.

Рисунок 1 Средние периоды контагиозости в соответствии с тяжестью заболевания Ковид-19 и сроки выявления РНК SARS-CoV-2 помощью ПЦР и антител с помощью серологических методов.

PCRDeteccion RNA — Определение РНК

PCR asintomaticos-leves — ПЦР бессимптомные и легкие

PCR graves-criticos — ПЦР тяжелые и критические

Detección anticuerpos — Определение At

Asintomatico — Бессимтомные

Leve — Легкие

Grave — Тяжелое

Critico — Критическое 

E  exposición — Контакт

IS inicio de sintomas — Начало симптомов

muy transmisible — высоко заразны

poco transmisible — заразны

no transmisible — не заразны

Deteccion RNA mediante PCR — Определение РНК методом ПЦР 

Ac totales (Ab) — Общие At

Рисунок 2. Динамика появления нейтрализующих антител

SHP1-6: sueros de casos de COVID-19 numerados del 1-6 (по данным Wu et al) (11).

Рисунок 3. Динамика вирусной нагрузки РНК вируса SARS-CoV-2 в легких случаях (зеленый), тяжелых (красный) и критических (оранжевый)

PCR

Alta probabilidad de transmisión — Высокий риск передачи вируса

Baja probabilidad de transmisión — Низкий риск передачи вируса

Dias despues del inicio de síntomas — Дней от появления симптомов

По данным собственных ранее представленных исследований

Интерпретация диагностических методов

На данный момент доступны различные исследования для диагностики инфекции SARS-CoV-2, которые можно обобщить в трех группах:

  • Выявление РНК с помощью RT-PCR
  • Выявление вирусных антигенов (Ag)
  • Выявление общих антител (Ab)
  • Выявление антител: IgM и IgG

Учитывая, что существующие на рынке методы имеют специфичность более 95%, интерпретацию положительных результатов этих исследований можно обобщить следующим образом:

Таблица 1. Общий обзор интерпретации:

PCR

Ag

IgM

IgG

Интерпретация

+

Досимптомная стадия

+

+/-

+/-

+/-

Начальная фаза (1-7 день)

+/-

+

+/-

2-ая (8-15 день)

+/-

++

++

3-я фаза > 15 дней

+/-

++

Перенесенная инфекция

Таблица 2. Интерпретация положительных результатов ПЦР и/или антигенов (в отсутствие других анализов)

Симптоматика

Легкое течение

Тяжелое течение

Критическое состояние

Бессимптомные

Бессимптомные

Дней от начала симптомов

     

Дней после контакта

Наличие контакта не известно

< 7

ОИ

ОИ

ОИ

<12 / ОИ

ОИ

7-14

В

ОИ

ОИ

12-19 / В

ОИ

15-50

ПИ

ОИ

ОИ

20-55/ ПИ

ОИ

>50

ПИ

В

ОИ

> 55 / ПИ

ОИ

Легкие – не требующие госпитализации. Тяжелые – пациенты, требующие госпитализации. Критическое состояние – необходима госпитализация в ОРИТ

ОИ — Острая инфекция с высоким риском передачи вируса

В — Выздоравливающие или с низкой вероятностью передачи вируса

ПИ – Перенесенная инфекция

Таблица 3. Интерпретация положительных результатов на общие антитела (в отсутствие других анализов)

Симптоматика

Легкое течение

Тяжелое течение

Критическое состояние

Бессимптомные

Бессимптомные

Дней от начала симптомов

     

Дней после контакта

Наличие контакта не известно

< 7

ОИ

ОИ

ОИ

<12 / ОИ

ОИ

7-14

В

ОИ

ОИ

12-19 / В

ОИ

15-50

ПИ

ОИ

ОИ

20-55/ ПИ

ОИ

>50

ПИ

В

ОИ

> 55 / ПИ

ОИ

Легкие – не требующие госпитализации. Тяжелые – пациенты, требующие госпитализации. Критическое состояние – необходима госпитализация в ОРИТ

ОИ — Острая инфекция с высоким риском передачи вируса

В — Выздоравливающие или с низкой вероятностью передачи вируса

ПИ – Перенесенная инфекция

Таблица 4. Интерпретация положительного результата ПЦР/Ag и общих антител, если они сделаны совместно:

PCR

или

Ag

Ab

Симптоматика

Дней от начала симптомов

Легкое течение

Тяжелое течение

Критическое состояние

Бессимптомные

Дней после контакта

Бессимптомные

Наличие контакта не известно

+

<7

ОИ

ОИ

ОИ

<12/ ОИ

ОИ

+

+

<7

ОИ

ОИ

ОИ

<12/ ОИ

ОИ

+

<7

ОИ

ОИ

ОИ

<12/ ОИ

ОИ

+

7-14

В

ОИ

ОИ

12-19/ В

ОИ

+

+

7-14

В

ОИ

ОИ

12-19/ В

ОИ

+

7-14

В

ОИ

ОИ

12-19/ В

ОИ

+

15-50

ПИ

ОИ

ОИ

20-55/ ПИ

ОИ

+

+

15-50

ПИ

ОИ

ОИ

20-55/ ПИ

ОИ

+

15-50

ПИ

В

ОИ

20-55/ ПИ

ОИ

+

>50

ПИ

ПИ

ОИ

>55/ ПИ

ОИ

+

+

>50

ПИ

ПИ

В

>55/ ПИ

ОИ

+

>50

ПИ

ПИ

В

>55/ ПИ

ОИ

Легкие – не требующие госпитализации. Тяжелые – пациенты, требующие госпитализации. Критическое состояние – необходима госпитализация в ОРИТ

ОИ — Острая инфекция с высоким риском передачи вируса

В — Выздоравливающие или с низкой вероятностью передачи вируса

ПИ – Перенесенная инфекция

Таблица 5. Интерпретация положительного результата ПЦР/Ag, общих антител, IgM и IgG, если они сделаны совместно:

PCR

или

Ag

Ab

IgM

IgG

Симптоматика

Дней от начала симптомов

Легкое течение

Тяжелое течение

Критическое состояние

Бессимптомные

Дней после контакта

Бессимптомные

Наличие контакта не известно

+

+

<7

ОИ

ОИ

ОИ

<12/ ОИ

ОИ

+

<7

ОИ

ОИ

ОИ

<12/ ОИ

ОИ

+

+

<7

ОИ

ОИ

ОИ

<12/ ОИ

ОИ

+

7-14

В

ОИ

ОИ

12-19/ В

ОИ

+

7-14

В

ОИ

ОИ

12-19/ В

ОИ

+

+

7-14

В

ОИ

ОИ

12-19/ В

ОИ

+

+

+

7-14

В

ОИ

ОИ

12-19/ В

В

+

+

+

+

7-14

В

ОИ

ОИ

12-19/ В

В

+

+

7-14

В

ОИ

ОИ

12-19/ В

В

+

+

+

7-14

В

ОИ

ОИ

12-19/ В

В / ПИ

+

15-50

ПИ

ОИ

ОИ

20-55/ ПИ

ОИ

+

15-50

ПИ

В

ОИ

20-55/ ПИ

ОИ

+

+

15-50

ПИ

ОИ

ОИ

20-55/ ПИ

ОИ

+

+

+

15-50

ПИ

ОИ

ОИ

20-55/ ПИ

В

+

+

+

+

15-50

ПИ

ОИ

ОИ

20-55/ ПИ

В

+

+

15-50

ПИ

В

ОИ

20-55/ ПИ

В

+

+

+

15-50

ПИ

В

ОИ

20-55/ ПИ

ПИ

+

>50

ПИ

В

ОИ

>55/ ПИ

ОИ

+

+

>50

ПИ

В

ОИ

>55/ ПИ

ОИ

+

+

+

>50

ПИ

В

ОИ

>55/ ПИ

В

+

+

+

+

>50

ПИ

В

ОИ

>55/ ПИ

В

+

+

+

>50

ПИ

В

ОИ

>55/ ПИ

В

+

>50

ПИ

ПИ

В

>55/ ПИ

ОИ

+

+

>50

ПИ

ПИ

В

>55/ ПИ

В

+

+

+

>50

ПИ

ПИ

В

>55/ ПИ

В / ПИ

+

+

>50

ПИ

ПИ

В

>55/ ПИ

ПИ

Литература

  1. Zou L, Ruan F, Huang M, Liang L, Huang H, Hong Z, et al. SARS-CoV-2 Viral Load in Upper Respiratory Specimens of Infected Patients. N Engl J Med. 19 de febrero de 2020;
  2. Pan Y, Zhang D, Yang P, Poon LLM, Wang Q. Viral load of SARS-CoV-2 in clinical samples. Lancet Infect Dis. 24 de febrero de 2020;
  3. To KK-W, Tsang OT-Y, Leung W-S, Tam AR, Wu T-C, Lung DC, et al. Temporal profiles of viral load in posterior oropharyngeal saliva samples and serum antibody responses during infection by SARS-CoV-2: an observational cohort study. Lancet Infect Dis. 23 de marzo de 2020;
  4. Wölfel R, Corman VM, Guggemos W, Seilmaier M, Zange S, Müller MA, et al. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature. 1 de abril de 2020;
  5. European Centre for Disease Prevention and Control. Coronavirus disease 2019 (COVID-19) in the EU/EEA and the UK – eighth update [Internet]. 2020 abr. Disponible en: https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/rapid-risk-assessment-coronavirus-disease-2019-covid-19-pandemic-eighth-update
  6. World health Organization. Coronavirus disease 2019 (COVID-19) Situation Report – 73 [Internet]. Disponible en: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200402-sitrep-73-covid-19.pdf?sfvrsn=5ae25bc7_2
  7. Liu Y, Yan L-M, Wan L, Xiang T-X, Le A, Liu J-M, et al. Viral dynamics in mild and severe cases of COVID-19. Lancet Infect Dis. 19 de marzo de 2020;
  8. Li Q, Guan X, Wu P, Wang X, Zhou L, Tong Y, et al. Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia. N Engl J Med [Internet]. 29 de enero de 2020 [citado 6 de febrero de 2020]; Disponible en: https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001316
  9. Wang D, Hu B, Hu C, Zhu F, Liu X, Zhang J, et al. Clinical Characteristics of 138 Hospitalized Patients With 2019 Novel Coronavirus-Infected Pneumonia in Wuhan, China. JAMA. 7 de febrero de 2020;
  10. Respiratory disease and virus shedding in rhesus macaques inoculated with SARS-CoV-2 | bioRxiv [Internet]. [citado 25 de marzo de 2020]. Disponible en: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.21.001628v1
  11. The Pathogenicity of SARS-CoV-2 in hACE2 Transgenic Mice | bioRxiv [Internet]. [citado 25 de marzo de 2020]. Disponible en: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.939389v3 9
  12. Wu F, Wang A, Liu M, Wang Q, Chen J, Xia S, et al. Neutralizing antibody responses to SARS-CoV-2 in a COVID-19 recovered patient cohort and their implications. medRxiv [Internet]. 6 de abril de 2020 [citado 14 de abril de 2020];2020.03.30.20047365. Disponible en: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.30.20047365v1

Перевели Оксана Бабарыкина, Ирина Ткаченко

22.04.2020 Испания https://serviciopediatria.com/wp-content/uploads/2020/04.pdf

Оставить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *